За канон разработчики приняли ту концовку, в которой главный герой игры Адам Дженсен не успевает остановить выполнение коварных планов таинственной организации Иллюминаты: по их вине люди с аугментациями (искусственными органами и конечностями) сходят с ума и набрасываются на окружающих.